通常、口の中には様々な種類の細菌が数多く住んでいます。
この中にはむし歯や歯周病の病原菌も含まれています。特にむし歯の病原菌としては、ミュータンス菌といわれるものがよく知られています。
このミュータンス菌は、私達が食事やおやつなどで摂取する食べ物や飲み物に含まれる糖分を栄養にして増殖し、その際に菌の周囲にネバネバのグルカンというノリのような物質を放出します。これによって歯に強力に付着して、そこでたくさんの細菌の集合体が形成されます。これが増えて歯の表面の白い汚れとなったものが、プラークというものです。
また、この細菌は同時に乳酸も作り出します。そうするとプラークの中は酸性になり、接触している歯の表面のエナメル質は酸によって溶けてしまいます。この現象を脱灰と言います。この歯が溶ける状態がずっと続くと、ついには穴があいてしまって、いわゆる「むし歯」ができてしまいます。

人によって口の中にいる細菌の種類は異なりますが、ほとんどの人の口にはむし歯菌がいます。このむし歯菌が多くなるような人、そしてむし歯菌が活発に活動しやすいような生活習慣の人はむし歯に罹りやすくなります。むし歯ができやすい人は、プラークをうまく除去できない人、そしてプラーク中の細菌の栄養である糖分を頻繁に摂取する人です。つまり、プラークがついたままだと、細菌は増えるばかりで、酸によって歯が溶ける時間が長くなってしまいます。また、頻繁におやつや間食を摂る人は、プラーク中の細菌の活動が盛んになり、酸も多くつくられてしまいます。
全身的な病気によって唾液の量が少なくなることもあります。唾液は、口の中の細菌を洗い流したり、酸を洗い流したり薄めるのにとても重要な役割を果たしています。したがって唾液の出る量が少ない人は、むし歯ができやすく、その進行はとても速いのが一般的です。初期のむし歯では、唾液中からカルシウムやリンなどの歯を形作っている成分が取り込まれて、再石灰化という現象が起きています。このように唾液は、細菌を減らしたり酸の影響を少なくすることに加えて、歯の再石灰化を促進するという役割もあり、むし歯の進行と大きく関わっています。